FreeCommander XE jest samodzielnym menedżerem plików, który może z powodzeniem zastąpić wbudowanego Eksploratora w systemach Windows. Program wyświetla pliki zgromadzone na komputerze w dwóch panelach (użytkownik może wybrać czy panele mają być w pionie lub poziomie).
Poza standardowymi operacjami na plikach (zmień nazwę, usuń, kopiuj, wytnij, wklej itp.) FreeCommander XE pozwala także podglądać pliki graficzne, tekstowe i binarne. Umożliwia wyświetlanie plików w postaci heksagonalnej lub binarnej, co może okazać się przydatne przy bliższym analizowaniu zgromadzonych na dysku danych.
Poza wymienionymi funkcjami, FreeCommander XE daje także możliwość bezpowrotnego usuwania plików z dysku, pozwala weryfikować sumy kontrolne MD5, a także umożliwia dzielenie dużych plików na dysku na pliki o mniejszych rozmiarach. Tego typu części można następnie złączyć w jeden plik, na przykład na innym komputerze po przeniesieniu go przy pomocy dyskietek/płyt CD/pendrive'ów.
FreeCommander XE, poza widokiem graficznym, udostępnia użytkownikom także linię poleceń dla systemu DOS. Poza tym, pozwala wygodnie przeszukiwać dysk w poszukiwaniu interesujących nas plików (także w archiwach!), które potem można odpowiednio filtrować.
Ciekawą funkcją FreeCommandera jest możliwość porównywania katalogów pod względem rozmiaru, a także synchronizowania ich. W programie istnieje wiele ustawień, które można dowolnie zmieniać, dopasowując oprogramowanie do własnych potrzeb. Aplikacja sprawdzi się więc zarówno jako narzędzie użytkowników początkujących, ale szukających czegoś więcej niż standardowy Eksplorator Windows, jak i będzie przydatny dla użytkowników profesjonalnych, wiedzących dobrze, czego potrzebują w codziennej pracy na plikach i folderach.